Grandes cantidades de bacterias existen en el suelo. Un gramo de tierra contiene desde unos pocos cientos hasta varios miles de millones de microorganismos. Los microorganismos son un componente fundamental del ecosistema y facilitan su funcionamiento al descomponer las sustancias orgánicas y los nutrientes circulantes. Sin embargo, cuando la cantidad de microorganismos sanos en el suelo disminuye o se altera el equilibrio, otros seres vivos como las lombrices se verán afectados negativamente y el suelo se empobrecerá.
La diversidad de microorganismos contenidos y los metabolitos que producen aumentará la cantidad y diversidad de microorganismos en el suelo. Cuando los microorganismos se activan, los protozoos y organismos más grandes como las lombrices aumentarán en número y se obtendrá un ecosistema más saludable.
El suelo con microflora diversificada inhibirá el crecimiento de bacterias específicas que causan enfermedades, lo que ayuda a prevenir el fracaso del cultivo. Las bacterias del ácido láctico, la levadura y las bacterias fotótrofas contenidas tienen la capacidad de fermentar sustancias orgánicas y prevenir la putrefacción. Por lo tanto, por ejemplo, al preparar compost Microorganismos Regeneradores, se suprimirán las bacterias putrefactas y, debido a la acción de fermentación, es posible fabricar compost con menos torneado de lo habitual.
Además, el compost fermentado por Microorganismos Regeneradores es rico en aminoácidos y polisacáridos en comparación con el compost producido por los métodos habituales. EM-Organik evita la producción de amoníaco durante la descomposición de la proteína, metabolizando las proteínas de tal manera que en su lugar se producen aminoácidos.
Estos aminoácidos pueden ser absorbidos directamente por las plantas. Además, en circunstancias normales, la celulosa se descompondrá y se descompondrá para formar dióxido de carbono. Sin embargo, debido a la acción de fermentación de EM-Organik, se producirán polisacáridos de bajo peso molecular que serán absorbidos por microorganismos y plantas. En general, las proteínas se sintetizan a partir de nitrógeno. Sin embargo, si las plantas pueden absorber directamente los aminoácidos de sus raíces, pueden reutilizar la energía que se habría utilizado para producir aminoácidos y proteínas, produciendo así fruta con más azúcar.